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中国科学院动物所建立高通量大视野空间转录组学新技术（图）
空间 胚胎发育 神经
2024/9/12
在生物医学研究领域，空间转录组学技术已成为揭示细胞组成、空间异质性以及细胞间复杂相互作用的关键工具，对探讨胚胎发育、神经科学及疾病发生机制等至关重要。然而，该技术在实际应用中受限于成本高昂、视野范围有限和数据处理通量不足等技术瓶颈。这些限制在构建三维及多时空全转录组图谱时尤为突出。
2023年1月19日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）陈玲玲研究组在Genome Biology上，发表了题为CRISPR-dCas13-tracing reveals transcriptional memory and limited mRNA export in developing zebrafish embryos的最新研究成果。该研究通过筛选和优化CRI...
2023年1月19日，国际学术期刊Genome Biology发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）陈玲玲研究组的最新研究成果“CRISPR-dCas13-tracing reveals transcriptional memory and limited mRNA export in developing zebrafish embryos”。通过筛选和优化CRI...
中国科学院动物所等绘制灵长类胚胎原肠运动至早期器官发育转录组图谱（图）
胚胎原肠运动 早期器官发育 转录组图谱
2022/12/26
人的生命始于精子与卵子融合形成受精卵（胚胎期第0天；Embryonic day 0；E0），受精卵经历卵裂形成囊胚，囊胚在E7左右种植到母体子宫进一步发育。E14开始，胚胎经历原肠运动，胚胎后部细胞发生大规模定向迁移，并形成原条细胞。原条细胞进一步分化为中胚层和定型内胚层（definitive endoderm），同时胚胎前部细胞分化为外胚层。基于此，胚胎发育成为具有内胚层、中胚层和外胚层的三胚层...
单细胞转录组测序（scRNA-seq）能够从单个细胞水平对转录组进行研究，可以最大程度反映细胞间的异质性，并为鉴定新的细胞亚群和阐明细胞状态转换的调控机制提供技术支持。近年来，10X Genomics、Smart-seq2、Fluidigm C1等技术平台的出现，极大地推动了单细胞测序的发展，使其广泛地应用于基础科研与临床研究中。然而，由于单个细胞的mRNA表达量较低以及测序技术的噪声原因，使得单...
为营造良好的学术氛围，促进学科交流，2022年4月19日下午，基础医学与法医学院在部门学术厅举办了学术讲座---《转录因子NFE2L3通过C端介导p53依赖类泛素ISG15-蛋白酶体的降解调节肿瘤细胞增殖》，本次讲座由创新平台任勇刚博士主讲，基法学院师生代表共50余人参加了此次讲座。
科学家研究实现单细胞转录组的空间映射
单细胞RNA测序 单细胞转录组学 细胞跋涉 空间映射
2022/4/22
单细胞RNA测序方法可以剖析单细胞的转录组表达，但不能保存空间信息。相反，空间转录组学可以检测剖析组织切片中的空间区域，但不具备单细胞分辨率。美国德克萨斯大学研究团队提出一种计算方法，揭示组织中单细胞转录组的空间结果。该研究近日发表在《Nature Biotechnology》上，题为：Spatial charting of single-cell transcriptomes in tissue...
2022年3月14日，中南大学医学寄生虫学系教师尚晓敏与同济大学医学院张青锋课题组合作，在国际知名权威学术期刊《Nucleic Acids Research》 （IF=16.971）杂志在线发表题为 “Genome-wide landscape of ApiAP2 transcription factors reveals a heterochromatin-associated regulato...
溶酶体膜的完整性对细胞的命运至关重要，一旦溶酶体膜通透性改变，就会释放以组织蛋白酶为主的多种水解酶到细胞质中，通常会导致细胞死亡，称为溶酶体依赖性细胞死亡。目前，有多种机制可解释溶酶体通透性，包括：（1）线粒体产生的活性氧自由基氧化破坏溶酶体膜完整性；（2）溶酶体内的鞘氨醇在特定条件下富集，调控溶酶体通透性；（3）促凋亡蛋白Bcl-2家族与溶酶体直接相互作用，在溶酶体膜上形成孔道导致组织蛋白酶的释...
梁凯威教授课题组在基因转录调控方向取得新进展（图）
武汉大学 基础医学 四链体抗体
2024/9/9
2021年9月，武汉大学基础医学院梁凯威教授课题组在基因组学期刊Genome Research发表题为“Ligand-induced native G-quadruplex stabilization impairs transcription initiation”的论文，并被选为当期的封面。该研究结合G-四链体抗体BG4和CUT&Tag技术，建立了一种灵敏的天然G-四链体全基因组检测方法G4-...
2021年6月10日下午，川北医学院基础医学院在学术厅举办了学术沙龙活动，本期主讲人为任勇刚博士。川北医学院基础医学院全体研究生和部分老师参加了该活动。
2020年12月22日，中国医学科学院基础医学研究所黄粤和余佳团队在The EMBO Journal发表了“hnRNPLL controls pluripotency exit of embryonic stem cells by modulating alternative splicing of Tbx3 and Bptf”的论文。研究报道了hnRNPLL通过调控Bptf、Tbx3等关键基因m...
2021年2月18日，浙江大学基础医学院、浙江大学医学院附属邵逸夫医院冯钰课题组在Nature Communications在线发表了题为“Transcription activation by a sliding clamp”的研究论文，首次解析了T4噬菌体晚期基因转录激活复合物的冷冻电镜结构，揭示了依赖滑动夹的转录激活机制。
2009年首个单细胞转录组测序技术问世，开启了单细胞组学时代（scRNA-seq）（Tang et al., 2009）。过去十余年间单细胞测序技术的不断发展极大地加速了生物医学领域的相关研究，帮助科研人员克服了稀有生物样本以及生物样本内生异质性等重大挑战，一系列模式生物及人类自身的单细胞转录组图谱也由此诞生。然而目前的单细胞测序技术几乎全都是基于二代测序平台，测序读长短，一般在150bp左右，即...
人是结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis)的唯一自然宿主【1】。在人类历史中，结核分枝杆菌导致了超过十亿人的死亡【2】，是导致死亡人数最多的感染性疾病，西方将结核称为“白色瘟疫” （white plague）【3】。当人初次接触结核菌时，个体反应存在巨大差异。大约5-10%的初次接触者会出现临床症状（原发性结核），85%会进入结核潜伏期（潜伏性结核 - 感染了结核，但...